一群与生俱来就有特异功能的人士，在本身也具超人质量的X教授领军之下，成立了一支共同维护地球和平的X战警。由于X战警表现突出，每获得人类的大力喝采。

　此时，由另一特异功能人士，万磁王，所领军的邪恶战警则开始在世界掀风起浪。而一位反X战警的美国参议员，则极力要促成政府将这些所谓超人控管，并煽动人类与战警之间的冲突。 X教授（拥有举世最强的心电感应能力）不愿见到冲突扩大，所以集合充满正义感的X战警，希望能藉由X战警保护人类免受邪恶战警的威胁，进而能让人类接受X战警与其他善良的特异人士。

　　X战警小组成员包括：独眼龙（X战警的队长，可由两眼射出致命雷射光）、琴葛蕾（有心电感应、隔空取物，及瞬间移动的能力）、 R暴风女（X战警的副队长，拥有控制气候的能力）与ˉ小淘气（有著经由身体接触就能吸收对方记忆与能力的特异功能）是X战警的核心人物。他们队上来了新伙伴： 金钢狼（拥有超强的回复能力，两腕上有超合金的金钢爪）是个脾气暴躁，几乎不受控制的变种人，使X战警内部危机四伏…

　　X教授的死对头，万磁王（具有操纵磁场的超强能力）所率领的邪恶战警包括魔形女（可复制形体）、癞虾蟆（拥有超强弹力与附著力，以及长舌）、R大钢牙（拥有超人力量、坚硬如钢的爪牙与超回复能力）等，它们亟欲统治全世界，与X战警之间的征战当然会越演越烈……。

　　而誓死保卫人类的X战警，将会发现他们在尽力保卫人类之时，人类也对他们也产生了极大的恐惧，双方关系渐渐紧绷。再加上X战警得面对金钢狼一触即发的脾气，与万磁王的到处杀戮，X战警陷入了进退两难的重重危机中……。